Siden de gjenoppsto i 1992, har Charlie Hebdo ikke vært redd for å kritisere hverken politikere eller religioner. Ukebladet har heller aldri vært redd for å publisere omstridte karikaturer av profeten Muhammed.
I 2006 trykket Charlie Hebdo de 12 karikaturtegningene Jylland-Posten publiserte i 2005, noe som førte til at den daværende presidenten i Frankrike Jacques Chirac kritiserte avisen for "overdreven provokasjon". Publiseringen av tegningene førte også til at to muslimske grupper saksøkte ukebladet.
Ukebladet har i flere numre kritisert islamister, og i 2006 skrev 12 skribenter et innlegg i Charlie Hebdo hvor de advarte mot ekstrem islamisme. Den siste tweeten ukebladet la ut før angrepet, var en karikatur av IS-lederen Abu-Bakr Al-Baghdadi med teksten "Beste hilsener, forresten". Hva redaksjonen mente med denne tweeten er uklart.
Angrepet i 2011
I 2011 ble kontorene til ukebladet ødelagt av en bensinbombe. Angrepet kom dagen etter Charlie Hebdo annonserte at profeten Muhammad skulle være redaktør for den neste utgaven av satirebladet, og etter at en karikatur av Muhammed på bladets forside dukket opp på sosiale medier.
Den gang sa redaktør Stéphane Charbonnier, som var blant ofrene i dagens angrep, at publiseringen av karikaturene ikke var kritikk av islam, men heller kritikk av "idiotiske ekstremister". Charbonnier, også kjent som Charb, og to andre kollegaer fikk politibeskyttelse etter angrepet. På tross av dette, uttalte han Charlie Hedbo ikke ville la seg påvirke av trusler og angrep.
– Dette er ikke første gang vi har blitt angrepet, men vi kommer ikke til å la dette påvirke oss.
Trykket tegninger av naken Muhammed
I september 2012 nok en gang karikaturer av profeten trykket i ukebladet. På noen av tegningene var profeten naken. Tegningene førte til at den franske regjeringen stengte flere ambassader og skoler i utlandet av sikkerhetsmessige hensyn.
Karikaturene ble trykket noen dager etter opptøyene mot den antiislamske amerikanske filmen «Innocence of Muslims».
– Sterke følelser har blitt utløst på grunn av denne videoen i muslimske land. Jeg vet ikke om det er lurt å helle bensin på bålet, sa den franske utenriksministeren Laurent Fabius.
Charbonnier forsvarte publiseringen.
– Vi gjør karikaturer på absolutt alle, og vi lager karikaturer hver uke. Det er kun når vi lager tegninger av profeten at det blir kalt provokasjon.
Saksøkt for antisemittisme
I 2009 skrev Maurice Sinet en spalte i ukebladet hvor han anklagde Jean Sarkozy, sønnen til den tidligere franske presidenten, for å konvertere til jødedommen av økonomiske grunner.
Grunnen var at Sarkozy giftet seg med jødiske Jessica Sebaoun-Darty, som er arving til elektronikk-kjeden Darty. Jean Sarkozy nektet også for å ha konvertert.
Etter at Sinet nektet å unnskylde for spalten, fikk han sparken fra ukebladet. Han ble også saksøkt for antisemittisme, noe han senere ble frikjent for.
Ukebladet har også tegnet en karikatur hvor paven omfavner et medlem i sveitsergarden.