Det melder mediekonsernet Viacom, som eier kabel-tv-kanalen Comedy Central hvor programmet vises.
Komikeren selv annonserte sin avgang mot slutten av Daily Show-sendingen tirsdag. En gråtkvalt Stewart overrasket publikum ved å si at han innerst inne visste at det var på tide at noen andre fikk muligheten til å lede programmet, melder Vox.
– Det har vært et privilegium. Jeg takker dere for at dere så på eller hatet å se på, sa han.
52-åringen har ledet det satiriske nyhets- og aktualitetsprogrammet siden 1999, da han tok over for Craig Kilborn. Under Stewarts ledelse har showet vunnet 18 Emmy-priser.
– Jon har vært en drivkraft i Comedy Central. Han har fått frem og utviklet de beste talentene i industrien, foran og bak kamera, sier kanalen i en uttalelse.
– Han er et komisk geni, sjenerøs med sin tid og sitt talent. Han vil alltid være en del av Comedy Central-familien.
Uklart hvorfor Stewart gir seg
Det antas at The Daily Show vil fortsette uten Stewart, men en etterfølger til programlederstolen har så langt ikke blitt annonsert.
Det ble ikke oppgitt noen forklaring på hvorfor den populære verten nå gir seg, og det er heller ikke klart om Stewart skal gå over til et annet program eller TV-selskap.
Foruten politisk satiriker er Stewart skribent, produsent, regissør, skuespiller, mediekritiker og standupkomiker.
Kåret til USAs mest innflytelsesrike
Stewart følger etter Stephen Colbert, som i desember la ned sitt program «The Colbert Report», et show inspirert av «The Daily Show». Colbert tar over for legendariske David Letterman som takker for seg i «The Late Show» i mai.
De liberale komikerne Stewart og Colbert trakk over 200.000 mennesker til et satirisk folkemøte i Washington uka før valget høsten 2010.
Stewart ble samme år kåret til USAs mest innflytelsesrike mann foran Microsofts Bill Gates i en kåring på nettstedet AskMen.
LES OGSÅ: Stewart blir Oscar-vert