Avgjørelsen kommer til tross for at regjeringen i går offentlig støttet en gjennomføring av adopsjonen.
Mennekserettighetsgrupper har gått hardt ut og kritisert malawiske myndigheter for spesialbehandling av popdronningen.
Den fire år gamle jenta Chifundo James ble foreldreløs kort tid etter fødselen da moren døde og faren var forsvunnet. Oversatt betyr jentas navn "barmhjertighet".
Aleneforelder
Madonna og sønnen David Banda.
Foto: TSVANGIRAYI MUKWAZHI / APSøknaden gjelder for Madonna som aleneforelder etter at skilsmissen hennes med filmprodusenten Guy Ritchie ble gjennomført i november i fjor.
Regelen om at adoptivforeldre må ha bodd i Malawi i minst 18 måneder før de kan adoptere, ble innført i 2006 etter at Madonna hadde tatt med seg lille David til Storbritannia før adopsjonen var formelt i orden. Det skjedde nemlig ikke før i 2008.
Malawiske myndigheter godtar som regel ikke søknader fra aleneforeldre men myndighetene har påpekt at hver enkelt sak behandles under skjønn.
Midlertidig adopsjon
Den amerikanske popstjernen søkte om midlertidig adopsjon for den fire år gamle malawiske jenta, i første omgang for atten måneder.
Selv har Madonna uttalt at det er fantastisk å komme tilbake til landet der hun adopterte David Banda i 2006.
Madonna og den nå tre år gamle David har besøkt guttens biologiske far igjen denne uken.
