Filmen skal fortelle historien om en bosnisk kvinne og en serbisk mann som forelsket seg i hverandre under borgerkrigen i Bosnia på begynnelse av 1990-tallet.
Ifølge bosniske aviser handler filmen om en muslimsk bosnisk kvinne som forelsker seg i serberen som voldtok henne.
Den bosniske skuespilleren Zana Marjanovic spiller hovedrollen i filmen, som hun i intervjuer har beskrevet som et episk drama som utspiller seg under borgerkrigen på Balkan i årene 1992 til 1995.
Fillmen blir Jolies regidebut, og tidligere har blant andre Clint Eastwood sagt at han har tro på prosjektet.
Krigsofre protesterer
Kvinnelige krigsofre i Bosnia har protestert mot innspillingen, som skulle finne sted i Sarajevo og Zenica, og kulturminister Gavrilo Grahovac trakk onsdag tilbake Jolies tillatelse til å filme i landet.
– De har ikke lenger tillatelse til å filme i Bosnia. De kan få slik tillatelse dersom de sender oss et filmmanus som forteller en annen historie enn det vi har fått fortalt fra folk som har lest det nåværende manuset, sier Grahovac.
LES OGSÅ: Her besøker Jolie flomofrene
Misnøye
Kulturministeren sier at han ikke kan stanse Angelina Jolie fra å spille inn filmen andre steder, men sier at beslutningen om å trekke tilbake tillatelsen er en klar markering fra bosniske myndigheters side.
– Det gir uttrykk for vår misnøye med innspillingen av en film som ikke forteller sannheten og som sårer et stort antall ofre, sier han.
Jolie har alt spilt inn deler av filmen i Ungarn, men skulle etter planen fortsette innspillingen i Bosnia.
– Forfalsker virkeligheten
Organisasjonen «Kvinnelige krigsofre i Sarajevo» anklager Jolie for å forfalske virkeligheten.
– Dette er en villedende historie. Blant de mange tusen vitnemålene fra kvinner som ble voldtatt under krigen, fins ikke ett som forteller historien om en kjærlighetshistorie mellom offeret og voldtektsmannen, sier organisasjonens leder, Bakira Hasecic.
– Ingen skal få forfalske vår smerte, sier hun.