Duterte gikk til valg på å utrydde narkotikatrafikken i landet, og fastslo at 100.000 kriminelle skulle drepes i løpet av de første seks månedene.
Siden han ble innsatt som president i slutten av juni er rundt 3000 mennesker drept, og bare 1000 av dem er drept av politiet, skriver AFP.
Det har fått EU-parlamentet til å reagere. I forrige uke ga parlamentet uttrykk for bekymring etter det som kalles «et ekstraordinært høyt antall drap i forbindelse med politiaksjoner.»
«Duterte må sette en stopper for bølgen av utenrettslige henrettelser og drap, og innlede en umiddelbar etterforskning av disse,» heter det i resolusjonen fra EU-parlamentet.
«Fuck you»
Onsdag holdt Duterte en pressekonferanse i hjembyen Davao, der han svarte med en tirade mot EU.
– Jeg sier til dem: «Fuck you.» Dere gjør det for å bøte på deres egne synder, sa han med en finger i været.
Duterte kalte parlamentets medlemmer hyklere fordi forfedrene deres drepte tusenvis av mennesker, og trakk spesielt frem Frankrike og Storbritannia.
– De opphøyer seg selv for å døyve sin egen skyldfølelse. Men hvem har jeg drept? Dersom det er sant, 1700. Men hvem er de? Kriminelle. Og dere kaller det folkemord. Nå har EU frekkheten til å fordømme meg. Så jeg gjentar: «Fuck you,» sa Duterte.
Duterte har tidligere lovet medaljer til alle som dreper en narkolanger, og truet nylig med å partere og spise medlemmer av Abu Sayyaf-geriljaen.
I dag lovet han igjen å beskytte politibetjenter og soldater fra straffeforfølgelse.
– Hvis dere massakrerer hundre, og det også er hundre av dere, vil dere alle bli benådet. Dere vil få alle rettigheter tilbake, og en forfremmelse på kjøpet, sier han.