Det bekrefter han selv i et intervju med Piers Morgan.
– Om jeg skal si opp? Ja, det skal jeg. Jeg kan ikke fortsette i jobben, sier han i intervjuet.
Rubiales har også lagt ut en melding på sin egen konto på X/Twitter, der han også bekrefter at han gir seg som visepresident i Uefa.
Mandag formiddag bekrefter Spanias fotballforbund at Rubiales har trukket seg fra presidentvervet.
Rubiales har lenge vært i hardt vær etter at han kysset Jennifer Hermoso på munnen under medaljeseremonien i VM-finalen.
– Jeg vil forsvare min ære. Jeg vil forsvare min uskyld. Jeg har tro på fremtiden. Jeg har tro på sannheten, skriver han på X.
I et vedlagt dokument står det at han sendte inn oppsigelsen sin til den fungerende presidenten kl. 21.30 søndag kveld. Rubiales har vært suspendert av Fifa fra all fotballrelatert aktivitet siden 26. august.
– Altfor seint
Siden kysset har flere ulike parter gjort forsøk på å få Rubiales til å trekke seg, blant annet flere spanske regjeringsmedlemmer. Også det spanske fotballforbundet har bedt Rubiales om å trekke seg etter skandalekysset.
NRKs sportskommentator Jan Petter Saltvedt mener oppsigelsen ble levert langt på overtid.
– Det er på tide. Det er altfor seint. Han kommer uansett ikke ut med noe som helst ære av dette, sier Saltvedt, som mener all oppmerksomheten siden Spanias VM-gull har handlet om Rubiales.
– Han har holdt på den oppmerksomheten altfor lenge og gjør det fortsatt ved å skulle si opp i et Piers Morgan-intervju. Det er flaut, det er skammelig, som resten av hele denne prosessen.
– Hvorfor er det flaut?
– Luis Rubiales burde ha gjort dette på en mye mer verdig måte enn å skulle ha en eller annen glamfaktor også på sin oppsigelse, sier Saltvedt.
Snakket med familien
I intervjuet med Morgan, som ble publisert noen minutter før Rubiales' egen X/Twitter-melding, forteller Rubiales at han kom frem til avgjørelsen etter å ha snakket med familien og nære venner.
– De sa til meg «Luis, du må fokusere på å bevare verdigheten din og fortsette livet ditt. Hvis ikke kan du sannsynligvis såre mennesker du elsker og sporten du elsker», sier han i intervjuet.
Han sier videre at slik situasjonen er nå, så er det «intelligente valget» å tre til side.
– En ting må man fortsatt håpe på. Dette er ikke over, Spania har et oppgjør å ta med hele den kulturen Rubiales har representert, sier Saltvedt.
Anmeldt på onsdag
Fratredelsen skjer få dager etter at det ble kjent at Jennifer Hermoso anmeldte Rubiales. Hermoso leverte anmeldelsen etter at spansk påtalemyndighet nylig innledet en etterforskning av hendelsen.
Dagen etter hendelsen i finalen, gikk Rubiales ut og sa at han beklaget og angret på hendelsen.
Den tidligere fotballpresidenten har senere forsvart seg, og har blant annet sagt at han «har vært offer for en politisk og mediemessig lynsjing uten sidestykke».