Også hans forretningspartner Rick Gates er blitt siktet, skriver New York Times.
Begge to sier ifølge CNN at de ikke er skyldige etter tiltalen.
Fjernsynskanalen melder også at myndighetene ber om en kausjon for Manafort på 10 millioner dollar (81 millioner kroner), og for Gates 5 millioner dollar.
Manafort ledet Trumps valgkamp fra april til august 2016.
Både 68 år gamle Manafort og Rick Gates meldte seg i morges for FBIs kontor i Washington.
Ifølge Reuters ble Manafort og Gates siktet av en storjury fredag og en føderal dommer som er knyttet til saken beordret dem hemmeligholdt.
New York Times skriver at siktelsene innebærer en klar opptrapping av Muellers etterforskning.
- Les også:
Uklart om siktelsene
Det er de første siktelsene som kommer ut av etterforskningen som ledes av spesialetterforsker Robert Mueller.
Ifølge en uttalelse fra Mueller er Manafort siktet for å ha vært en uregistrert agent for utenlandske interesser, for å ha forklart seg usant og misvisende, samt for sju tilfeller der det ikke er innberettet kontoer i utenlandske banker og finansinstitusjoner.
Manafort har tidligere arbeidet som rådgiver for Ukrainas daværende president Viktor Janukovitsj.
Ifølge Mueller har over 75 millioner dollar, rundt 600 millioner norske kroner, sirkulert gjennom kontoer kontrollert av Manafort og Gates.
Manafort skal ifølge siktelsen ha hvitvasket over 18 millioner dollar, nesten 150 millioner norske kroner.
Han skal ha drevet lobbyvirksomhet for mange millioner dollar til fordel for Viktor Janukovitsj og hans parti, Regionpartiet.
Medarbeider av Manafort
Rick Gates, som også er siktet, er en mangeårig medarbeider av Manafort.
Navnet han skal ifølge New York Times være i dokumenter som knytter ham til firmaer startet av Manafort på Kypros for å motta penger fra østeuropeiske politikere og forretningsfolk.
Ifølge en artikkel i New York Times i juni i år, var forholdet mellom de to slik at «overalt der Manafort gikk, fulgte Rick Gates etter».
– Sammensvergelse
President Donald Trump misliker sterkt Muellers etterforskning, og søndag anklaget han i Twitter-meldinger Demokratene for å stå bak.
– Denne russiske sammensvergelsen skjedde aldri. Demokratene bruker denne heksejakten til å bedrive ond politikk, skrev han.
– Demokratene og Hillary Clinton er SÅ skyldige, skrev han videre.