I en uttalelse fra det tunisiske innenriksdepartementet skal de tre mistenkte være medlemmer av en terrorcelle med koblinger til Anis Amri.
De tre ble pågrepet fredag, melder AFP.
Ifølge politiet skal terrormistenkte Amri ha bedt sin 18 år gamle nevø om å møte ham i Europa og slutte seg til IS. Det skal 18-åringen ha bekreftet i avhør.
De tre pågrepne er i alderen 18 til 27 år.
Tidligere julaften opplyste Spanias innenriksminister at de undersøkte tips om at Amri kan ha hatt kontakt med andre mulige ekstremister i Spania.
12 mennesker ble drept og 56 skadd da en person kjørte en semitrailer inn i julemarkedet i Berlin mandag. Amri skal ha sverget troskap til terrorgruppen IS i forkant av angrepet.
Anis Amri, som politiet mistenker gjennomførte selve angrepet, ble skutt og drept av politiet i Milano under en rutinekontroll i går.
