Lisensen ble inndratt på mandag, noe som i praksis betyr at avisen er ilagt et forbud mot videre drift i Russland, skriver Reuters.
I en sak anlagt av medietilsynet Roskomnadzor, anklages Novaja Gazeta for ikke å ha lagt fram dokumenter om et eierskifte i 2006.
Redaktør for Novaja Gazeta, Dmitrij Muratov, kaller avgjørelsen for ugyldig.
– Det er en politisk bestilling. Den har ikke det minste juridiske grunnlag, sier Muratov til nettstedet Mediazona og Kommersant.
Ifølge Muratov kommer kjennelsen til å bli anket.
– Denne avgjørelsen forkastelig og målrettet. Vi er tiltalt fordi vi angivelig ikke sendte inn noen dokumenter, selv om vi sendte inn alt, sier Muratov.
– Våre jurister kommer naturligvis til anke avgjørelsen.
Redaktør, Muratov, ble i 2021 tildelt Nobels fredspris for innsatsen for ytringsfrihet.
– Ikke overraskede
Avisen har kritisert Russlands invasjon av Ukraina og stanset utgivelsen midlertidig i mars på grunn av skjerpet russisk sensur. Avisen var et av de få uavhengige mediene som publiserte fra Russland.
Redaktør i nettavisen Barents Observer, Thomas Nilsen, er ikke overrasket over det som skjer nå.
– Det er dessverre ingen overraskelse, men selvfølgelig en trist utvikling, sier Nilsen
Nilsen tror ikke dette er det siste vi hører fra Novaja Gazeta.
– Jeg kjenner mange av journalistene der. Jeg vil tro at de ikke kommer til å gi seg og prøve andre måter å få utført sin journalistikk. De som jobber i Gazetta er veldig tøffe mennesker, sier Nilsen
Kritisk til invasjonen av Ukraina
Novaja Gazeta var et av få uavhengige medier som fikk lov til å fortsette sin kritiske dekning av det russiske samfunnet.
Over 70 prosent av avisaksjene eies av de ansatte. Resten var eid av Sovjetunionens siste president Mikhail Gorbatsjov, som brukte prispengene fra Nobels fredspris til å finansiere oppstarten.
Seks av journalistene i staben har blitt drept siden oppstarten i 1993. Den mest kjente internasjonalt er Anna Politkovskaja, som ble skutt 7. oktober 2006.
Allerede i krigens begynnelse skrev Dmitrij Muratov under på et opprop sammen med 100 journalister om at de var imot krigen.
Vanskeligere for uavhengige journalister
De siste årene og særlig etter invasjonen av Ukraina har det blitt vanskeligere å drive med uavhengig journalistikk i Russland. Siden 2012 har stadig flere medier blitt stemplet som utenlandske agenter og utsatt for en rekke represalier. Loven som ble hasteinnført denne uken er en ytterligere innskrenking av ytringsfriheten i landet.
I mars innførte den russiske Dumaen en ny lov som gjør det mulig å straffe folk med 15 års fengsel hvis de kommer med «feil informasjon» om det som skjer i Ukraina.