Ifølge Al Jazeera og den palestinske Røde Halvmåne er sju palestinere såret under angrepet. De var samlet i moskeen i forbindelse med ramadan.
Det palestinske nyhetsbyrået Wafa har meldt om flere titalls skadde. Dette er ikke bekreftet av andre medier.
AFP melder klokka halv åtte at over 350 personer skal være arrestert av politiet.
Videoer som er blitt postet i sosiale medier, viser israelsk politi som slår palestinere med blant annet batonger. De skal også ha skutt med gummikuler, skriver CNN.
Minst to av de skadde skal ha blitt sendt til sykehus med alvorlige skader, ifølge nettstedet.
Hendelsen skjer kun få dager etter at en palestiner ble skutt og drept utenfor den samme moskeen.
Israelsk grensepoliti patruljerte rundt en av inngangene til gamlebyen i Jerusalem.
Foto: Mahmoud Illean / APManet til ro
Det er fremdeles uenighet om hva som er årsaken til at israelsk politi tok seg inn i moskeen.
Politiet sier at de måtte inn i moskeen for å arrestere maskerte opprørere som hadde barrikadert seg i bygget. De har i en uttalelse hevdet at de ble møtt av folk som kastet stein og skjøt fyrverkeri mot dem.
Palestinske mener på sin side at palestinerne i moskeen var der kun for å be.
Benjamin Netanyahu, statsminister i Israel, kom senere på dagen med en uttalelse hvor han manet til ro rundt moskeen.
En palestinsk mann inspiserer sykestuen tilhørende moskeen etter sammenstøtet onsdag.
Foto: AMMAR AWAD / ReutersRaketter avfyrt fra Gaza
Ifølge den israelske hæren ble ni raketter avfyrt fra Gaza mot Israel. Minst fire av dem ble skutt ned og landet i åpne områder. Ifølge Times of Israel traff en av rakettene en fabrikk.
Reuters skriver at rakettene fra Gaza kom som et svar på angrepet på moskeen. Israel responderte med å sende raketter tilbake mot Gaza.
Så langt er det uklart om noen ble såret som følge av fly- og rakettangrepene.
Røyk stiger opp fra en militærleir på Gaza etter rakettangrep fra Israel.
Foto: Adel Hana / APIsraels sikkerhetsminister Itamar Ben-Gvir har bedt om at forsvarskabinettet skal samles. Den omstridte ministeren tar til ordet for en «sterk» reaksjon på rakettangrepet fra Gaza.
Ben-Gvir er leder for det ultranasjonalistiske og religiøse partiet Jødisk Makt.
– Regjeringen jeg er medlem av, trenger å reagere sterkt på rakettskytingen fra Gaza. Hamas-raketter krever en reaksjon utover å bombe sanddyner og ubemannede steder, skriver sikkerhetsministeren på sin Twitterkonto.
– Det er på tide å senke hodene i Gaza.
Økte spenninger
Det er ikke første gang det finner sted voldelige sammenstøt ved al-Aqsa-moskeen, kjent for jøder som Tempelhøyden.
Moskeen ligger på en topp som er symbolsk viktig både for jøder og muslimer.
Spenningen og angrepene på den okkuperte Vestbredden og Jerusalem har økt det siste året.
Denne måneden har det vært frykt for at situasjonen tilspisses ytterligere.
Den muslimske hellige måneden ramadan faller i år på samme tid som jødenes feiring av pesach, den jødiske påsken.
Fredagsbønn ved al-Aqsa-moskeen i gamlebyen i Jerusalem sist fredag.
Foto: Mahmoud Illean / APRegjeringen advarer Israel
Palestinske grupper fordømte Israels angrep på palestinere som feiret ramadan.
Det samme gjør palestinske myndigheter.
Nabil Abu Rudeineh, presidentskapets offisielle talsmann, advarer israelske myndigheter mot å krysse «en rød linje», skriver nyhetsbyrået Wafa.
– Vi holder okkupasjonsmyndighetene ansvarlige for alle eventuelle forverringer.
Politi utenfor inngangen til gamlebyen i Jerusalem, der moskeen ligger.
Foto: Mahmoud Illean / APTalsperson for den palestinske presidenten kommer også med en advarsel:
– Vi advarer okkupasjonen mot å krysse grenser på hellige steder. Det vil føre til en stor eksplosjon, sa Nabil Abu Rudeineh.
Jordan og Egypt har begge fordømt hendelsene.
De to landene var nylig involvert i et USA-støttet forsøk på å roe ned spenningene på Vestbredden.