– Det var en ussel handling ettersom de fjernet hodet, sier talsmann J. Dahiya til nyhetsbyrået AFP.
De to soldatene ble drept i en skuddveksling med pakistanske styrker i den omstridte regionen tirsdag.
Tidligere i dag slo den indiske forsvarsministeren fast at den pakistanske hærens behandling av to indiske soldater, var umenneskelig.
– Handlingene til den pakistanske hæren er svært provoserende. Måten de behandlet de døde indiske soldatene på, er umenneskelig, sa forsvarsminister A.K. Antony.
Militære kilder opplyste først at den ene av soldatene ble halshogd. Dette ble senere avvist av en talsmann for forsvaret, men få timer senere bekreftet Dahiya at hodet til den ene soldaten var fjernet.
Til AFP sier Dahiya at det var nødvendig å varsle de pårørende før de kunne bekrefte opplysningen.
Pakistan avviser
Skuddvekslingen der soldatene ble drept kommer to dager etter et annet sammenstøt nær den såkalte kontrollinjen i Kashmir.
En pakistansk soldat skal da ha blitt drept idet indiske soldater krysset linjen, ifølge pakistanske myndigheter.
- Les også:
India innkalte onsdag Pakistans utsending til India på teppet for å protestere mot drapene av soldatene.
Men Pakistan avviser at deres soldater sto bak drapene.
– Indiske myndigheter er informert om at Pakistan har gjennomført grundige undersøkelser, og det er ingen sannhet i noen av beskyldningene fra India, sier en anonym pakistansk militær kilde, ifølge Times of India.
– Det er bare propaganda fra den indiske hæren, sier kilden.