Soldatene skulle evakuere amerikanske borgere i Sør-Sudan, skriver nyhetsbyrået Reuters.
Ifølge nyhetsbyrået AP skal én av soldatene være kritisk såret.
Da flyene ble beskutt, snudde soldatene og fløy til Ugandas hovedstad Kampala. Derfra ble soldatene fraktet til Kenya for å få medisinsk behandling.
Ifølge en talsperson for ugandiske myndigheter ble flyet beskutt ved den sørsudanske byen Bor, som er kontrollert av opprørsstyrker som er lojale til den avsatte visepresidenten Riek Machar, melder BBC.
Bor ligger 200 kilometer nord for hovedstaden Juba, og er hovedstad i en av landets mest urolige regioner.
FN-helikopter beskutt i går
I ettermiddag ble det kjent at et FN-helikopter som holdt på å evakuere sivile ble beskutt i samme område av Sør-Sudan i går.
AP melder at FN-helikopteret ble tvunget til å nødlande.
President Salva Kiir har anklaget Machar og hans tilhengere for kuppforsøk etter at det brøt ut harde kamper mellom regjeringssoldater og grupper som støtter Machar, sist helg.
- Les også:
- Les også:
Flere hundre mennesker er blitt drept i kampene.
Den kenyanske presidenten opplyser lørdag at Kenya vil sende soldater til Sør-Sudan for å evakuere rundt 1600 kenyanere. Mange av de kenyanske statsborgerne sitter fast i Bor.