Statsminister Recep Tayyip Erdogan, som har bakgrunn fra et islamistisk parti, hadde besluttet at han ville møte paven når han lander i Ankara.
Men møtet ble kort, og like etter reiste Erdogan videre til NATOs toppmøte i Riga.
Ifølge Vatikanet satte imidlertid paven stor pris på at Erdogan personlig ønsket ham velkommer på flyplassen.
Et vendepunkt
Før han forlot Roma sa paven at han håpet besøket vil åpne for forståelse mellom religionene, og en talsmann for Tyrkias regjering sa mandag kveld at pavens besøk kan bli et vendepunkt i forholdet mellom islam og kristendommen.
Det er pavens første besøk til et muslimsk land, men de siste dagene har tusenvis av tyrkere demonstrert mot besøket. Protestene skyldes ikke minst en tale som pave Benedikt holdt på et tysk universitet i september. I talen brukte han et gammelt sitat hvor islam ble beskrevet som en voldelig religion. Paven har senere understreket at han selv ikke er enig i sitatet, og at hensikten med talen var å fremme dialog mellom religionene.
- Full av hat
Paven skal under besøket også treffe Tyrkias direktør for religiøse saker, Ali Bardakoglu, som har beskyldt paven for å være full av hat mot muslimer.
Han omtaler nå pavens besøk som et skritt i riktig retning, men insisterer på at det ikke er nok til å lege skaden som ble gjort da paven knyttet islam til vold.