Den smittede er en mann som kom til Goma med buss søndag morgen. Det opplyser helsedepartementet i Kongo til nyhetsbyrået AFP.
Mannen er prest og hadde holdt gudstjenester i en kirke der han har tatt på hendene til medlemmer av menigheten, «inkludert de syke», står det i en pressemelding.
Han skal ha fått de første symptomene sist torsdag da han var i Butembo, en mindre by cirka 300 kilometer nord for Goma.
Fredag satte han seg likevel på bussen til Goma, dit han kom frem søndag morgen.
Helsemyndighetene har identifisert de 18 andre passasjerene på bussen, og håper derfor å kunne hindre at ebolaen brer seg i millionbyen.
Ettersom smitten overføres ved direkte kontakt med kroppsvæsker fra syke eller døde personer er det likevel fare for at noen skal ha blitt smittet før presten ble isolert.
Nest største utbrudd noen gang
Det pågående ebola-utbruddet i det østlige Kongo startet i august i fjor.
Ifølge de siste tallene (fra 10. juli) er 2451 mennesker smittet i utbruddet. 1647 av dem har mistet livet.
Det gjør utbruddet til det nest verste gjennom tidene. Bare utbruddet i Vest-Afrika for fem år siden, der over 11.000 mennesker mistet livet, har vært verre.
Så langt har utbruddet vært konsentrert til områdene nordøst i Kongo, men i juni døde en fem år gammel gutt av sykdommen i nabolandet Uganda.
Sammen med det nye tilfellet i Goma, gjør tilfellet i Uganda at frykten øker for at utbruddet skal spre seg.
Verdens helseorganisasjon WHO holder i dag et såkalt høynivåmøte i hovedkvarteret i Genève for å vurdere hva de kan gjøre for å begrense utbruddet.
Helsearbeidere angripes
I Goma, der det første tilfellet nå er oppdaget, har man forberedt seg på å møte utbruddet i nesten ett år, skriver Reuters.
Blant annet er det rundt om i byen satt opp steder der folk kan vaske hendene. I tillegg passer man på at Gomas mange mototaxi-sjåfører ikke deler hjelm.
På landsbygda har det vært vanskeligere å bekjempe utbruddet, ikke minst fordi flere militsgrupper herjer i området.
I flere tilfeller er helsearbeidere blitt direkte angrepet. I mars opplyste Mike Ryan, sjefen for WHOs akuttinnsats, at det da var registrert 119 angrep mot helsepersonell siden januar.
Helsearbeidere har likevel klart å vaksinere over 160.000 mennesker mot ebola.
Vaksinen, som først ble tilgjengelig i fjor, gir ifølge WHO opp mot 100 prosent beskyttelse mot viruset.
