Etterforskerne ankom stedet et døgn etter at etterforskere fra Scotland Yard fant hullet som var dekket av tre, en jernplate og hauger av jord, melder Daily Mail.
Etter å ha undersøkt området ved bruk av radarutstyr og graveredskaper, er området nå dekket av to hvite telt.
Det er fortsatt ikke kjent hva som førte etterforskerne til det spesifikke området tirsdag eller hva de fant i hullet.
Undersøker kloakk
I mellomtiden skal etterforskere være i gang med å undersøke kloakken til feriekomplekset Ocean Club, hvor McCann-familien bodde da britiske Madeleine forsvant i juli 2007, tre år gammel.
Letingen er en fellesoperasjon mellom britisk og portugisisk politi.
Ifølge portugisiske medier har britisk politi sendt 287 forespørsler til portugisiske myndigheter om tiltak i forbindelse med søket.
Forespørslene omfatter 41 prioriterte områder som etterforskerne vil undersøke, melder avisen.
- Les:
Sjekker opp mot flere bortføringer
Madeleine McCann forsvant fra et feriekompleks i Praia da Luz den 3. mai 2007. Foreldrene satt kun 50 meter unna da jenta forsvant. Portugisisk politi lukket saken i 2008, men Scotland Yard jobber fremdeles med saken.
Politiet sa i april at de er på jakt etter en mann som overfalt ni andre britiske jenter i Algarve i tidsrommet 2004 til 2006.
Et av ofrene for disse overgrepene var en 10 år gammel jente i Praia da Luz. Det samme stedet hvor Madeleine forsvant to år senere.
Kunngjøringen om den videre etterforskningen er den siste i en lang og kontroversiell jakt på den savnede jenta.