– Det har vært vanskelig å riste av seg tidligere feilsteg, og i etterpåklokskapens lys ser jeg at det ville vært bedre å starte helt på nytt, sier Goddard i en pressemelding.
Den newzealandske dommeren Goddard er den tredje lederen som slutter i kommisjonen siden den ble etablert i 2014.
Kommisjonen gransker overgrep gjennomført av fremtredende personer innen politikk, den katolske og den anglikanske kirke, kommuner og skoler.
- Les:
– Selv om det har vært en kamp på flere måter, er jeg sikker på at det har blitt oppnådd stor fremgang for ofre og overlevende etter institusjonelle seksuelle overgrep mot barn, sier hun, og legger til at barnas stemme har blitt hørt.
Fått kritikk
Innenriksminister Amber Rudd sier granskingen fortsetter «uten forsinkelser» og roser Goddards innsats.
Goddard har tidligere gjennomført en gransking av politiets håndtering av overgrep mot barn på New Zealand, men hun har blitt kritisert for å ha vært i utlandet på ferie totalt 70 dager siden hun inntok posisjonen i april 2015.
Storbritannias regjering opplyser ikke hvem som skal erstatte henne.
Advokat Richard Scorer, som representerer mer enn 50 fornærmede i granskingen, sier det er «avgjørende» at Rudd utpeker en ny leder så fort som mulig.
Omfattende
Kommisjonen fikk sitt mandat i kjølvannet av avsløringen av den nå avdøde TV-kjendisen Jimmy Saviles misbruk av barn.
- Les:
Etter at Savile-saken ble kjent, dukket det opp flere saker der kjendiser, prester, politikere og andre høytstående personer i det britiske samfunnet ble utpekt som overgripere gjennom flere tiår.
Granskerne har sett på beskyldninger om tildekking av historier, påståtte sammensvergelser og om hvorvidt lovens voktere har gjort en tilstrekkelig god jobb.
Det ble fastslått at dokumentene til 114 saker om overgrep mot barn mellom 1979 og 1999 hadde forsvunnet.
- Les:
Den første lederen, Elizabeth Butler-Sloss, gikk av etter bare en uke i jobben på grunn av spørsmål om hvordan hennes bror hadde håndtert overgrepsanklager mens han var statens øverste juridiske rådgiver på 1980-tallet.
Hennes etterfølger, advokat Fiona Woolf, gikk av i oktober 2014 på grunn av anklager om inhabilitet.