Det bekrefter den NATO-ledede ISAF-styrken.
Farrell, som jobber for den amerikanske avisa The New York Times, ble reddet i et dramamtisk kommandoraid før daggry.
- Jeg er fri
I en kort telefonsamtale med utenriksredaktøren i avisa, Susan Chira, fortalte han: - Jeg er fri. Jeg er fri.
Farrell kom uskadd fra aksjonen, men tolken hans, en 34 år gammel tobarnsfar, ble drept. Det er ikke klart hvordan han mistet livet.
Farrell er blitt holdt fanget av Taliban-bevegelsen etter at han ble bortført i helgen sammen med tolken sin.
Pressen tiet
Inntil nå har New York Times og store deler av pressen for øvrig tiet om bortføringen av hensyn til journalistens sikkerhet.
Farrel og tolken ble bortført søndag da de forsøkte å komme frem til stedet hvor et NATO-angrep fredag kostet opptil 60 afghanere livet.
Stephen Farrell har arbeidet for the New York Times i Irak. Han var tidligere Midtøsten-korrespondent for The Times.