Filippinske myndigheter satte inn luftvåpen for å bekjempe opprørerne fra gruppen Moros islamske frigjøringsfront tirsdag (MILF).
Kampene skal ha oppstått da soldater undersøkte meldinger om at en amerikansk tenåring var blitt bortført av gjenger nær byen Barka på øya Basilan.
Anklager hverandre
– Vi led tap og vi har foreløpig talt 12 døde, 11 sårede og 10 savnede, sa oberstløytnant Randolph Cabangbang i en tekstmelding tirsdag.
Ifølge filippinske sikkerhetskilder ble sju opprørere drept og et ukjent antall såret i luftangrepene og bakkekampene.
Begge parter anklaget hverandre for å ha brutt en sju år lang våpenhvile.
Rundt 120.000 drepte
MILF har forhandlet med regjeringen i et forsøk på å gjøre slutt på en mer enn 40 år lang konflikt.
Anslagsvis 120.000 mennesker har mistet livet i konflikten, mens 2 millioner er drevet på flukt i de fattige, men ressursrike sørlige områdene av Filippinene.
Forhandlingene i Malaysia ble imidlertid frosset i august, da opprørsledere avviste et forslag om selvstyre fra regjeringen.
Norge er denne måneden vertskap for fredsforhandlinger mellom den filippinske regjeringen og kommunistiske opprørere, som også har vært i konflikt i over 40 år.