19 mistenkte ble pågrepet i razziaen, blant dem den mest etterlyste forbryteren i landet, Ezequiel de Souza.
Sjefen for Paraguays antinarkotikapoliti, Fernando de Vargas, tror beslaget kan være det største noensinne.
Kokainen ble funnet i et indianersamfunn ved navn La Paloma, 600 kilometer nordøst for hovedstaden Asunción, lørdag.
Ti av de anholdte er paraguayske statsborgere, blant dem flere politimenn. De ble fløyet rett til Asunción, der de risikerer 25 års fengsel.
I tillegg til narkotikaen ble det beslaglagt fem tomotors fly, hvorav ett lå utbrent i enden av flystripen med levninger av et menneske inni.