Møtet mellom presidenten og tech-gründeren ble kjent søndag kveld gjennom en uttalelse fra det israelske presidentkontoret.
– Handling sier mer enn ord, skrev Musk på sin egen plattform da han hadde landet i Israel.
Sammen med statsminister Benjamin Netanyahu besøkte han kibbutzen Kfar Aza.
Jordbrukssamfunnet var ett av 27 steder som ble tatt over av Hamas under terrorangrepet 7. oktober.
Det tok tre dager før israelske styrker fikk frigjort kibbutzen, hvor rundt 750 personer bodde. Mellom 52 og 60 av dem ble drept av inntrengerne, 19 ble tatt med til Gazastripen.
– Jeg besøkte Kfar Aza sammen med Elon Musk for å vise han på nært hold hvilke forbrytelser mot menneskeheten Hamas utførte her, skriver Netanyahu på X.
– Skrekkelige løgner
I uttalelsen som annonserte besøket sa president Isaac Herzog at han ville møte Elon Musk for å snakke om behovet for å bekjempe antisemittisme som spres på Internett.
Flere menneskerettighetsgrupper har anklaget X, tidligere Twitter, for å bidra til å spre hat mot jøder, ifølge Reuters.
I midten av november sluttet Biden-administrasjonen seg til kritikken, etter at Musk tilsynelatende gav sin støtte til en antisemittisk konspirasjonsteori.
Det skjedde etter at Musk skrev «du har sagt den faktiske sannheten» til en bruker som anklaget jøder for å spre hat mot hvite. Vedkommende refererte tilsynelatende til flere ulike konspirasjonsteorier og brukte blant annet ordene «horder av minoriteter».
En talsmann for Det hvite hus mente det var «uakseptabelt å gjenta skrekkelige løgner» som sprerrasisme og antisemittisme.
Elon Musk selv hevder han er «for ytringsfrihet, men imot alle former for antisemittisme».
Møtte familiene til gisler
Musk skal i løpet av dagen ha møtt flere familier som ble rammet av Hamas-angrepene.
I Kfar Aza fikk han høre om Ofir Leibstein, en av de som ble drept i skuddveksling da kibbutzen ble angrepet.
Fireåringen Avigail Idan fikk også besøk av Musk. Hun ble tatt som gissel og ført til Gaza, og ble løslatt søndag. Hennes foreldre var blant de drepte, og Musk fikk se bilder etter ødeleggelsene i landsbyen.
Møte med Netanyahu
Etter besøket i kibbutzen Kfara Aza fikk Musk en orientering i den israelske nasjonalforsamlingen Knesset, ifølge en pressemelding fra israelske myndigheter.
I tillegg til å diskutere sikkerhetsaspekter rundt kunstig intelligens ble Musk vist videoer som som viser Hamas sine ødeleggelser fra 7. oktober, ifølge statsministerens kontor.
Sist de to møttes var da Netanyahu besøkte Musk ved Tesla-hovedkvarteret i California 18. september.
Da bad den israelske statsministeren Musk om å finne en balanse mellom å beskytte ytringsfriheten og bekjempe hatytringer.
Debatten hadde da rast i flere uker om at X tillater meldinger med antisemittisk innhold.
Musk svarte Netanyahu at han er imot alt som oppmuntrer til hat og konflikt.
Elon Musk har uttalt at X skal være en plattform hvor folk kan presentere ulike synspunkter, men at de vil stanse enkeltposter som går ut over hva selskapet har bestemt er akseptabelt.
Store amerikanske selskaper, som Walt Disney, Warner Bros Discovery, Comcast, Apple og IBM har valgt å stanse annonsering på X som følge av kontroversene.
Mens Det hvite hus har kunngjort at det er opprettet en profil for president Joe Biden på X-konkurrenten Threads, som eies av Meta og Musk-rivalen Mark Zuckerberg.
Får ikke bruke Starlink
Musk, som også eier romfartsselskapet SpaceX ved siden av X og Tesla, skal ifølge Reuters ha lovet Israel ikke å aktivere den satellittbaserte internettjenesten Starlink i Gaza uten israelsk godkjenning.
Nett- og telefontilgangen i Gaza har flere ganger kollapset etter at Israel bombet kommunikasjonstårn og tatt ned internett.
Musk har tidligere sagt at hjelpeorganisasjoner i Gaza kan få internettforbindelse gjennom Starlink.
Den israelske kommunikasjonsministeren Shlomo Karhi svarte da at Israel ville bruke alle midler til å stoppe Starlink. Begrunnelsen var også Hamas ville utnytte satellittjenesten. Dette er ikke bekreftet av uavhengige kilder.
Al Jazeera skriver at Karhi nå roser Musk for løftet om at Starlink «ikke skal operere i Israel, inkludert Gazastripen», uten godkjenning fra kommunikasjonsdepartementet.