Islamistpartiene i Egypt reagerer kraftig på utnevnelsen.
Den 70 år gamle politikeren skulle tas i ed som statsminister av Egypts interimspresident Adli Mansour senere lørdag, ifølge kilden.
Mansour ble selv tatt i ed torsdag etter at hæren dagen i forveien styrtet president Mohamed Morsi.
ElBaradei er tidligere leder i Det internasjonale atomenergibyrået (IAEA). I 2005 mottok han Nobels fredspris på vegne av organisasjonen. Han forlot IAEA i 2009.
Siden revolusjonen i Egypt i 2011 har ElBaradei markert seg som en ledende opposisjonspolitiker, og han har vært favoritt til statsministerposten etter denne ukas kupp. Men islamistpartiene nekter å stille seg bak ham.
SE VIDEO:
Islamister sier nei
Det muslimske brorskap krever at Morsi, som har bakgrunn fra Brorskapet, må gjeninnsettes som president.
– Vi avviser dette kuppet og alt som følger av det, inkludert ElBaradei, sier Farid Ismail, en av lederne i Brorskapets politiske parti FJP.
Heller ikke det ytterliggående salafistpartiet al-Nour vil støtte ElBaradei som statsminister. Partiet har hittil stilt seg bak kuppet mot Morsi, men truer nå med å trekke seg fra samarbeidet med landets nye makthavere.
– Nominasjonen av ElBaradei er i strid med veikartet som politiske og nasjonale maktgrupper er blitt enige med general Abdel Fattah al-Sisi om, sier nestleder Ahmed Khalil i al-Nour til avisa Al-Ahram.
Sisi, som er Egypts forsvarssjef, har spilten viktig rolle som hærens ansikt utad under uroen.
- Les også:
Forhandlingsleder
ElBaradei ble i starten av uka utnevnt til å forhandle fram en politisk løsning på vegne av en rekke opposisjonsgrupper som ba hæren gripe inn for å fjerne landets islamistiske president Mohamed Morsi.
Kilder i hæren sier ElBaradei er en passende kandidat til å lede regjeringen ettersom han er en kjent figur internasjonalt og populær blant de unge.
Han skal også ha en høy stjerne hos enkelte medlemmer av salafistgruppen al-Nour, som både har fungert som alliert og motstander av Morsis bevegelse Det muslimske brorskap.
Men ElBaradei er også blitt kritisert av konservative islamister for ikke å være på bølgelengde med egyptere flest.
Den nye overgangsregjeringen skal styre landet mens det utarbeides en ny grunnlov som skal bane vei for et nytt valg.
- Les også:
Overgangsperiode
Da Mursi ble styrtet onsdag, skjedde det etter store folkelige protester. Men siden kuppet har også islamistene som støtter Morsi, mobilisert kraftig.
Maktkuppet i Egypt har vakt stor harme blant Brorskapets tilhengere, og fredag ble minst 35 personer drept i voldsomme sammenstøt mellom tilhengere og motstandere av Morsi og mellomdemonstranter og sikkerhetsstyrker.
Nye demonstrasjoner er varslet allerede søndag. Massene vil fortsette sine siviliserte og fredelige protester til militærkuppet er reversert og den legitime presidenten gjeninnsatt, meldte en sammenslutning av flere islamistiske
grupper, blant dem Det muslimske brorskapet, natt til lørdag.
Flere eksperter har advart mot at avsettelsen av Morsi, som vardemokratisk valgt, kan bidra til å styrke de mest ytterliggåendekreftene i Egypt.