De vil at Mourinho skal forklare hvorfor han beskyldte Wigans Lee McCulloch for juks etter lørdagens 1-0-seier over Wigan, melder BBC.
Mourinho ga forsvareren William Gallas ordre om å ikke spille ballen tilbake til Wigan etter at David Connolly hadde spilt ballen utover sidelinja, slik at lagkameraten McCulloch skulle få behandling for ankelen sin.
Kommentarene Mourinho kom med etter klampen har fått FA til å reagere.
- Vi vet hva fair play er, og når en spiller blir skadet gir vi ballen tilbake. Vi er ikke dumme og ser når en spiller jukser. Fordi han jukset og var på bena få sekunder senere, ba jeg Gallas om ikke å gi ballen tilbake, sa Mourinho.
Ville gjort det igjen
Han understreket at han ville gjort det samme på nytt.
- En ting er å bli skadet, noe helt annet er å late som man er skadd, sa portugiseren.
Forrige sesong fikk han bot på 60.000 kroner etter å ha beskyldt spillere fra Manchester United for å jukse og filme under semifinalen i ligacupen.
FA har også bedt Alex Ferguson om å forklare seg etter at han konstaterte at dommer Rob Styles aldri dømmer straffe for Manchester United.
Ferguson mente seg snytt for nettopp det i 1-1-kampen mot Everton.