Mohamed Salah scoret kampens eneste mål tre minutter før full tid i en kamp der hjemmelaget i lange perioder var best.
De vant også bortekampen mot Chelsea tidligere i høst, da med 2–1. Likevel er det London-laget som er klar, mens Basel trenger minst ett poeng mot Schalke i siste kamp for å slå følge.
Ettersom de to møtes, er det bare ett av dem som kan passere Chelsea i siste runde.
Chelseas keeper Petr Cech leverte mange sterke redninger og holdt sitt lag lenge inne i kampen.
Men da Salah i kampens sluttminutter kom gjennom på venstresiden, kunne selv ikke Cech redde avslutningen.