Kaepernick har gjennomført en stille boikott av The Star-Spangled Banner før 49ers-kampene. Han går ned på ett kne mens nasjonalsangen spilles.
28-åringen gjør det i protest mot rasediskriminering og politiets behandling av minoriteter.
– Jeg vil ikke reise meg for å vise stolthet over flagget til et land som undertrykker folk på grunn av hudfarge, har han sagt.
Har mottatt flere trusler
Kaepernick fortalte tirsdag at han har mottatt trusler fra ulike hold siden han innledet protesten i august. Han ble spurt om han frykter at noen skal gjøre alvor av trusselen.
– Om det skjedde, ville det bevise poenget mitt. Det vil være klart for alle hvorfor det skjedde, svarte han.
Han sa at han forutså sterke reaksjoner før han bestemte seg for å protestere.
– Jeg visste at det fulgte noen ting med dette. Det er klart jeg har tenkt gjennom det.
Ny mann skutt av politiet
Bakgrunnen for protesten ble aktualisert da 40-årige Terence Crutcher, en ubevæpnet svart mann, ble skutt og drept av politiet i Tulsa fredag.
– Det er et perfekt eksempel på hva dette handler om, sa Kaepernick tirsdag.
Kaepernick opplyste tirsdag også at han de neste 10 måneder vil gi en million dollar til tiltak i lokalsamfunn.
