Eneste nedtur for Bayern og målscoreren onsdag var at Mandzukic pådro seg et feilaktig gult kort som setter ham utenfor i den første semifinalekampen.
Bittert for den viktige spilleren, som spilte en svært god kamp mandag.
Daniel Van Buyten måtte også ut i første omgang med skade.
– Vi spilte smart og lot oss aldri bringe ut av fatning. Vi tok oss fortjent videre og har grunn til å være stolte, sa Bayern-keeper Manuel Neuer etter kampen.
– Spektakulære semifinaler
Tyskerne hadde
og det ble en jevnspilt og underholdende kamp før Mario Mandzukic punkterte spenningen midt i annen omgang.Og til tross for flere sjanser, hadde Juventus problemer med å sette keeper Manuel Neuer på de virkelig store utfordringene.
Claudio Pizarro fastsatte resultatet på overtid etter flott forarbeid av Bastian Schweinsteiger.
Dermed gikk tyskerne videre med 4-0 sammenlagt.
Bayern München seiler nå opp som en av de største favorittene til å vinne årets mesterliga.
– Det blir vanskelig. De tre andre lagene er alle topplag, og det blir spektakulære semifinaler, mener Bayern-spiller Arjen Robben.
Spansk-tysk duell
Avslutningen av turneringen blir nå en duell mellom tysk og spansk fotball, der Barcelona og Real Madrid forsvarer de spanske fargene.
Barca tok seg videre til semifinale etter 1-1 mot PSG onsdag og 3-3 sammenlagt. Laget gikk imidlertid videre på grunn av bortmålsregelen.
- Les også:
Fredagens trekning avgjør om det blir tysk-spanske dueller allerede i semifinalene, eller om det må vente til finalen på Wembley i mai.
– Vi gjør en meget god sesong og spiller fremragende fotball. Nå må vi se om vi kan måle oss mot Real Madrid og Barcelona også, sier Bayern-trener Jupp Heynckes.