Kort tid etter torsdagens vedtak i nasjonalforsamlingen ble det utstedt en arrestordre på Sanader, men da var det for sent.
Ifølge det kroatiske innenriksdepartementet forlot 57-åringen landet og tok seg over grensa til Slovenia, før politiet rakk å pågripe ham.
En talsmann for politiet opplyser at det om kort tid vil bli utstedt en internasjonal arrestordre på den tidligere statsministeren.
– Han kommer tilbake
En advokat som hevder å representere Sanader avviser at han har flyktet og sier at han er på en planlagt forretningsreise som han vil returnere fra.
Kroatiske medier spekulerer i om han kan ha reist til Østerrike, der han tidligere har bodd og studert.
Det kroatiske antikorrupsjonsbyrået har i lengre tid etterforsket Sanader for maktmisbruk.
Korrupsjonsjakt
Som statsminister i årene 2003 til 2009 skal Sanader har beriket både seg og partiet Kroatias demokratiske union (HDZ).
En tidligere nær medarbeider ble arrestert tidligere i år, anklaget for korrupsjon, og en rekke andre tidligere topper er under etterforskning.
EU følger nøye med på korrupsjonsjakten i Kroatia, som tar mål av seg å bli unionens 28. medlemsstat i 2012.