Guvernør Vasipi Sahin bekrefter at den mistenkte er en usbekisk statsborger som skal ha fått trening i Afghanistan.
– Mannen har tilstått, og fingeravtrykkene hans stemmer over ens med avtrykk som antas å stamme fra gjerningsmannen, sier Sahin.
Skal være fra Usbekistan
Tyrkiske myndigheter identifiserer den antatte gjerningsmannen som 34 år gamle Abdulgadir Masharipov fra Usbekistan.
Sahin sier også at at angrepet ble utført på vegne av IS.
Statsminister Binali Yildirim sier den arresterte mannen nå blir forhørt av politiet.
– Det er mange detaljer som gjenstår, men det vitigste er at mannen bak dette avskyelige angrepet er tatt. De som står bak ham skal også tas, sier statsministeren.
Mannen ble pågrepet i Esenyurt-distriktet i Istanbul i en politiaksjon mandag ettermiddag. Han var da i en leilighet sammen med sin fire år gamle sønn, melder nyhetsbyrået AFP.
Tyrkisk politi har fra før pågrepet nærmere 40 personer etter terrorangrepet mot nattklubben.
Den ytterliggående islamistgruppa IS har tidligere hevdet at de står bak terroraksjonen, og kalte det hevn for Tyrkias militære involvering i Syria.
39 mennesker ble drept i terrorangrepet mot nattklubben i Istanbul nyttårsaften. Mange av de drepte var utlendinger, nærmere 70 personer ble såret.
