Skjelvet, som hadde en styrke på 6,9, hadde episenter 37 kilometer nord-øst for Iwaki i Fukushima-prefekturet. Det var i dette området en tsunami ødela flere reaktorer ved et kjernekraft etter det kraftige jordskjelvet i 2011.
Ifølge amerikanske geologer var mandagens skjelv 10 kilometer dypt.
En tsunami på 60 centimeter traff havnen i Onahama, og i bukten i Sendai var bølgene opp mot 1,4 meter to timer etter skjelvet, melder kringkasteren NHK.
Det er meldt om mindre skader på folk og bygninger. Jordskjelvet kunne også kjennes i Tokyo, som ligger 240 kilometer fra episenteret.
Et tsunamivarsel for Stillehavsregionen er fortsatt gjeldende. Bølgene kan bli opptil en meter.
Innbyggere i flere områder ble bedt om å evakuere og komme seg opp i høyden etter at tsunamivarselet først ble sendt ut.
– Folk må søke tilfukt, sa regjeringstalsmann Yoshihide Suga på en pressekonferanse ved 07.40-tiden lokal tid.
En bølge på bare noen centimeter kan være kraftig nok til å skylle med seg mennesker og gjenstander.
Kjølesystem stanset på atomkraftverk
Skjelvet ble først målt til 7,3, men ble senere nedgradert til 6,9, ifølge USGS. Kort tid etter kom et kraftig etterskjelv målt til 5,4.
Det ble utstedt tsunamivarsel for kystområdene nord i landet.
Energimyndighetene opplyste mandag kveld norsk tid at det da ikke var observert skader eller unormale strålingsnivåer ved atomkraftverkene i regionen.
NHK meldte at kjølesystemene ved atomreaktoren i Fukushima hadde stanset, men det skulle ikke være kritisk. Vannet holdt da en temperatur på 28,7 grader.
Ifølge Tepco som driver kraftverket har de lagret nok vann til å hindre overoppheting, og det vil vare i opp mot en uke.
En halv time senere var systemene i gang igjen.
Det brøt også ut brann i en kjemikaliefabrikk i Iwaki, men det er uklart om det var knyttet til jordskjelvet.
Kjente skjelvet
Skjelvet kunne også merkes i hovedstaden Tokyo, forteller Otto Lote som er utviklingsstudent i landet.
– Jeg bor litt utenfor Tokyo og våknet av skjelvet, forteller Lote til NRK.
– Det var ikke så kraftig at det flyttet møbler, men løse gjenstander flyttet på seg.
Han anslår at skjelvet kan ha vart i opp mot 20 sekunder.
Skjelvet i 2011 hadde en styrke på 9 og førte til enorme skader flere steder i landet. Over 16.000 mistet livet og flere tusen ble meldt savnet den gang.