Milosevic er også tiltalt for forbrytelser mot menneskeheten. Tiltalen er den andre mot Milosevic i Haag.
En lignende tiltale er allerede tatt ut for forbrytelser begått i Kosovo.
Den alvorligste tiltalen mot Milosevic er ennå ikke ferdig. Den gjelder folkemord begått under krigen i Bosnia i perioden 1992-1995.