Båten sendte ut nødmelding torsdag formiddag og befant seg da trolig om lag 50 nautiske mil sørøst for feriestedet Paphos.
Cruiseskipet «Salamis Philoxenia» fikk beskjed om å endre kurs og seile mot tråleren.
Da cruiseskipet kom frem fikk de se en overfylt båt der de aller fleste passasjerene var kvinner og barn.
Alle passasjerene ble reddet om bord i cruiseskipet. Forsvarsdepartementet på Kypros opplyser at 293 voksne og 52 barn, til sammen 345 mennesker, ble reddet.
Flyktningene vil i første omgang bli fraktet til en militærleir i Kokkinotrimithia, rundt ti kilometer vest for hovedstaden Nicosia.
Tror de kommer fra Syria
– Skipet kommer sannsynligvis fra Syria med sivile flyktninger om bord, sier forsvarsdepartementet.
Kypros ligger bare rundt 100 kilometer fra kysten av det borgerkrigsherjede Syria.
Likevel har det ikke kommet mange flyktninger til øya øst i Middelhavet.
De fleste syriske flyktningene som har prøver å komme seg til Europa reiser vanligvis over land via Tyrkia eller ved å ta båt fra Nord-Afrika til Italia.
Over dobling siden i fjor
Dagens vellykkede redningsaksjon kommer to uker etter opp til 500 mennesker druknet utenfor Malta i et forsøk på komme seg fra Egypt til Italia.
- Les også:
Over 130.000 flyktninger har så langt i år kommet over Middelhavet til Europa, mot rundt 60.000 i løpet av hele fjoråret.
Rundt 3000 er druknet i forsøket på å komme seg over havet.
- Les også:
