Ifølge BBC ble nesten 50 personer drept i angrepet.
Pakistans utenriksdepartement sier raidene, som ble satt i gang fra Khost-provinsen øst i Afghanistan, har krenket landets suverenitet.
Kommentarene var hovedsakelig ment for befolkningen i Pakistan, hvor amerikansk militær aktivitet ofte er upopulær. Det sier BBCs korrespondent Adam Mynott i Islamabad.
– Brudd på FN-mandatet
Den internasjonale ISAF-styrken sier den krysset grensen inn i Pakistan fredag, etter at de ble beskutt i Khost-regionen. Mer enn 30 opprørere ble drept uttaler ISAF. Etter det BBC erfarer, var tallet på drepte nærmere 50.
Lørdag ble to Apache-helikoptre beskutt fra det samme området, og krysset igjen grensen. Fire til seks opprørere ble drept, ifølge ISAF.
Major Michael Johnson bekrefter at ISAF hadde et helikopter som kjempet i nærheten av grensen.
– Men våre rapporter sier ikke at helikopteret krysset over, sier han.
(Saken fortsetter under kartet)
– Uakseptable overtramp
Pakistans utenriksdepartement sier hendelsene representerer klare brudd på FN-mandatet ISAF opererer under. Departementet sier at mandatet slutter ved grensen mellom Afghanistan og Pakistan, og at det ikke er avtalt regler som lar ISAF-styrker gå over grensen.
– Enhver oppfatning om det motsatte er ikke faktisk riktig. Slike overtramp er uakseptable, heter det fra departementet.
ISAF hevder at det ikke har vært noen brudd på stridsreglene. Styrken har ikke opplyst om hvor operasjonen fant sted, eller hvilke lands styrker som var involvert. Styrken opplyser at ingen sivile ble drept, men denne opplysningen har ikke blitt bekreftet av uavhengige kilder.
Raidene kom etter at opprørere angrep en afghansk sikkerhetsstilling i Khost-provinsen.
