Navalnyj hadde vært i byen Tomsk i Sibir, da han ble dårlig på flyet til Moskva.
Hans medarbeidere sier at han fikk i seg nervegiften Novitsjok i te som han drakk på flyplassen.
Opposisjonslederen hadde vært i byen for å organisere det han kalte «smart stemmegivning». Det vil si å samle ulike opposisjonsgrupper rundt de kandidatene som hadde størst mulighet til å vinne over kandidatene fra regjeringspartiet Forent Russland.
Framgang for opposisjonen i Sibir
Nå viser de foreløpige valgresulatene fra Tomsk at to av Navalnyjs tilhengere har fått plass i bystyret. Det er Ksenia Fadeeva og Andrej Fateev.
Tomsk er en studentby med om lag en halv million innbyggere.
I Russlands tredje største by, Novosibirsk, har opposisjonen fått inn tre representanter i bystyret. Den videre opptellingen vil vise om det blir en til.
Dette er første gang opposisjonen rundt Navalnyj har fått inn sine folk i lokale politiske organer etter bystyrevalget i Moskva i fjor høst. Der hadde opposisjonslederen også suksess med «smart stemmegivning».
Les mer: Tyskland tilbyr Russland samarbeid om Navalnyj
Regjeringspartiet sliter
President Putins støtteparti Forent Russland gjør det stadig dårligere både på meningsmålinger og i lokalvalg mange steder.
Ifølge BBCs russiske redaksjon har regjeringspartiet mistet flertall i bystyrene både i Tomsk og Novosibirsk.
Forent Russland ble likevel det største partiet i Tomsk med litt over 24 prosent av stemmene. I valget for fem år siden fikk partiet 52 prosent.
Det er grunn til å understreke at regjeringspartiet fortsatt er den klart dominerende kraften i russisk politikk. Forent Russland ligger an til å få minst 12 av de 18 guvernørene i dette valget, melder nyhetsbyrået AFP.
De politiske organene domineres jevnt over av regjeringspartiet.
Men over flere år har russerne merket at deres lønninger og pensjoner har stått på stedet hvil, mens priser ellers har steget betydelig.
Pensjonsreformen som økte pensjonsalderen for både kvinner og menn, førte til mye kritikk av myndighetene.
Mange ble også hardt rammet da det russiske samfunnet i stor grad ble stengt tidligere i år på grunn av koronapandemien.
Les også: Navalnyj-støttede politikere angrepet i Sibir
Parlamentsvalget den viktigste testen
I september neste år er det valg på nytt russisk parlament. For Navalnyj har det i lang tid vært det viktigste målet.
Nå har Forent Russland mer enn 2\3 av plassene i Statsdumaen.
Kommunistpartiet og Det liberaldemokratiske partiet er også representert der.
President Putin kaller dem opposisjonspartier, men når det virkelig gjelder, stemmer de som regel slik regimet ønsker.
Den liberale opposisjonen håper å få inn flere av sine kandidater i parlamentet neste år., slik at det blir en virkelig opposisjon i den russiske lovgivende forsamlingen.
Inntil nå har det virket som en ganske fjern drøm, men nå har lokalvalgene vist at det faktisk kan være mulig.
Og hvis Forent Russland mister sitt superflertall i parlamentet, kan det bli atskillig mer interessant å følge russisk politikk.
Les også: Russisk regionvalg er en viktig test for den politiske opposisjonen og for regjeringspartiet
En barriere er brutt
Også denne gangen har uavhengige valgobservatører rapportert om en god del uregelmessigheter. Men det har tydeligvis ikke vært så omfattende at alle fra den liberale opposisjonen har blitt utestengt.
Det kommer til å virke som en oppmuntring fram mot parlamentsvalget.
President Putin tar aldri Aleksej Navalnyjs navn i sin munn, han sier bare «personen du nevner» eller «pasienten i Berlin». Skeptikerne her i Russland vil nok si at Putin aldri vil tillate at opposisjonen rundt Navalnyj får fotfeste i rikspolitikken.
Men i lokalvalgene har en barriere nå blitt brutt, og det er ikke sikkert at det blir så lett å stanse denne utviklingen.