Det viser 39 amerikanske dokumenter som ble offentliggjort tirsdag.
Dokumentene gir ny kunnskap om det New York Times kaller «et anti-kommunistisk blodbad på minst en halv million indonesiere».
Massakrene fikk lite oppmerksomhet i samtiden og den dag i dag ønsker ikke indonesiske myndigheter at noen ser nærmere på massedrapene.
Verdens tredje største kommunistparti
Indonesia var i årene frem til 1965 styrt av president Achmed Sukarno. Han forsøkte å holde en nøytral linje mellom supermaktene og var en av grunnleggerne av den alliansefrie bevegelsen.
Samtidig var kommunistpartiet (PKI) en maktfaktor i landet. Indonesia hadde verdens tredje største kommunistparti, bare de regjerende kommunistpartiene i Kina og Sovjetunionen var større.
30. september 1965 prøvde en gruppe lavere offiserer, ledet av Oberstløytnant Untung i president Sukarnos livvakt, å ta makten i landet.
Kuppforsøket ble raskt slått ned, men den indonesiske hæren under ledelse av general Suharto, benyttet kuppet til å slå til mot kommunistene.
I løpet av et halvt år, fra oktober 1965 til mars 1966, ble minst en halv million mennesker drept. Noen kilder sier at tallene var langt høyere, mellom to og tre millioner drepte.
Dokumenter viser kjennskap
Et av dokumentene inneholder et telegram sendt fra den amerikansk konsulen i Surabaya 26. november 1965 der han viser til «indikasjoner på omfattende nedslakting» på Øst-Java.
Han legger til at opptil 15.000 kommunister kan ha blitt drept i en enkelt massakre.
I et telegram sendt fra den amerikanske ambassaden i Jakarta til utenriksdepartementet i Washington beskrives det hvordan indonesierne håndterer problemet med overfylte fengsler, skriver New York Times.
«Mange provinser ser ut til å løse dette problemet ved å henrette sine PKI-fanger, eller ved å drepe dem før de blir tatt til fange», heter det bifallende i telegrammet.
Krever alle dokumenter frigitt
John Rossa, professor i historie ved University of British Columbia i Vancouver, sier det er viktig å ha dokumentene som svart på hvitt viser USAs innblanding.
– USA fulgte det som skjedde tett og hvis det ikke hadde vært for landets støtte, kan man argumentere for at hæren aldri ville hatt selvtillit nok til å ta makten, sier Roosa, som har skrevet en bok om temaet.
Menneskerettsaktivister har reagert på offentliggjøringen av dokumentene med å kreve at USA og Indonesia frigir alle gjenværende hemmeligstemplede dokumenter om massakrene.
– De hemmeligstemplede dokumentene er avgjørende for å skrive en presis historie om drapene og straffe de ansvarlige, sier Andreas Harsono ved Human Rights Watch, til AFP.