Legen ble avslørt av overvåkingskameraer som fanget henne opp i det hun stemplet kollegene sine inn på det biometriske stemplingsuret med silikonavstøpninger av fingrene deres.
Ifølge brasilianske medier skal legen ved sykehuset i Ferraz de Vasconcelos nær São Paulo ha stemplet inn 11 leger og 20 sykepleiere på opptil fem overtidsnetter i måneden.
Hun er derimot bare siktet for bruk av seks falske fingre som ble funnet på henne da hun ble arrestert søndag.
– Bestakk sjefen
Politiet opplyser at legen har tilstått å ha holdt på med fingersvindelen, men ifølge sin advokat sier legen at hun mener hun er uskyldig fordi hun ble truet til å gjøre det for å unngå å miste jobben.
Legen har i tillegg pekt ut en annen ansatt ved sykehuset som mesterhjernen bak svindelen.
Kvinnen hevder også at de ansatte skal ha bestukket direktøren ved sykehuset som også skal ha hatt en finger med i spillet.
Hun er tiltalt for å dokumentfalsk og risikerer opptil seks år i fengsel.
– En hær av spøkelser
Ordfører Acir Fillo har suspendert fem ansatte ved sykehuset mens etterforskningen pågår, melder BBC.
Det brasilianske Helsedirektoratet har også planer om å utføre en egen gransking av skandalen.
Ifølge Fillo har politietterforskningen så langt vist at rundt 300 offentlig ansatte i byen har gjennomført lignende svindel.
Han beskriver dem som en «hær av spøkelser» som hever lønn uten å løfte en finger.
Ifølge BBC er svindelen mest utbredt innenfor helse, utdannings og sikkerhetssektorene i Ferraz de Vasconcelos.
