Amerikanske muslimer har klaget over trakassering i kjølvannet av terrorangrepene 11. september i fjor.
For å komme muslimene i møte talte Mueller på en konferanse i regi av Det amerikanske muslimske råd (American Muslim Council) nylig. Dermed havnet FBI-sjefen i unåde hos jødiske grupper, som anklager det muslimske rådet for å støtte terrorgrupper som Hamas og Hizbollah i Midtøsten.
Den amerikanske sionistbevegelsen ba Mueller om å avlyse den planlagte talen, men til ingen nytte. Mens Mueller talte til muslimene, gikk jødiske demonstranter fram og tilbake foran podiet med plakater som førdømte FBI-sjefen.