Denne kommisjonen underkjente nemlig i fjor mange stemmer som ble avgitt for Karzai.
Vestlige diplomater i Kabul sier seg dypt bekymret over dekretet som gir den afghanske presidenten rett til å utnevne alle de fem medlemmene av klagekommisjonen.
FNs representant i Afghanistan Kai Eide skal ha forsøkt å avverge tiltaket, meldte BBC tirsdag.
Norske Eide, som er på vei ut av stillingen som FN-representant, fikk ifølge BBC i stand en uformell avtale om at to av kommisjonens fem medlemmer skulle være utlendinger, het det på den britiske rikskringkastingens nettsider.
– Ser ikke bra ut
Det var ventet at ett av medlemmene av kommisjonen i henhold til denne avtalen skulle få vetorett.
– Selv om Karzai ikke har til hensikt å misbruke makten til å utnevne medlemmer av kommisjonen, ser ikke dette bra ut. Det tar seg spesielt dårlig ut når verdenssamfunnet nå forsøker å styrke demokratiet og de åpne samfunnsforholdene i Afghanistan, mener BBCs Kabul-korrespondent Chris Morris.
Omstridt valg
Hamid Karzai ble i november i fjor gjeninnsatt som president, etter at han var tildelt seieren i det omstridte valget i august.
Valgklagekommisjonen pekte på omfattende valgfusk og avviste på grunnlag av dette rundt en tredel av stemmene som var avgitt for Karzai.