Det har vært ventet at Kelly skulle fratre på grunn av rykter om at han ikke lenger er på talefot med president Trump.
– John Kelly kommer til å gå av. Jeg vet ikke om jeg kan si at han pensjonerer seg, men han er en fin fyr. Han går av på slutten av året, sa Trump til pressen lørdag.
Trump sier at han skal finne en erstatter i løpet av de neste dagene.
En talsperson fra Det hvite hus opplyser til nyhetsbyrået Reuters at Trump ønsker å utnevne Nick Ayers til ny stabssjef, men at Ayers har takket nei. Han er i dag stabssjef for visepresident Mike Pence.
Har snakket med etterforskere
De siste månedene har Kelly snakket med spesialetterforsker Robert Mueller og hans etterforskningsteam i den omfattende Russland-etterforskningen.
Det hvite hus skal ha rådet Kelly til å la være å la seg intervjues i etterforskningen.
- Les også:
Ble stabssjef i fjor
Kelly har vært Trumps stabssjef siden juli 2017, da han tok over etter Reince Priebus som ble sparket etter store uenigheter med Trumps daværende kommunikasjonssjef.
Trump har tidligere kalt Kelly for «en stor amerikaner og en stor leder».