Gutten falt ut av et vindu i tredje etasje i Finsensvej torsdag morgen.
Treåringen ble fraktet til sykehus, men livet hans stod ikke til å redde, melder Extrabladet.
Politiet har sperret av et et område i bakgården som vitner om hvor gutten falt ut, men det er fremdeles ikke kjent hvordan ulykken skjedde.
København-politiet opplyser at gutten mistet livet på sykehuset torsdag ettermiddag.
– Han døde på sykehuset klokken 13:32. Familien er knust, og vi har ingen ytterligere opplysninger i saken, sier operasjonsleder Jens Kristiansen.