Flere amerikanske medier, deriblant CNN ser på benådningen som et første steg mot full avkriminalisering.
Biden lovet under valgkampen at han ville avkriminalisere russtoffet, som allerede er lovlig i flere amerikanske delstater.
Nå benåder presidenten flere tusen amerikanere som har blitt dømt for besittelse av mindre mengder marihuana. Det kunngjorde han i en tale, som også ble formidlet gjennom Twitter.
Samtidig oppfordrer han guvernørene i delstatene til å gjøre det samme.
– Har snudd utallige liv på hodet
– Å sende folk i fengsel for å besitte marihuana har snudd utallige liv på hodet og sperret inne mennesker for oppførsel som flere delstater ikke lenger forbyr, sier Biden.
– Å være strafferegistrert for besittelse av marihuana har også laget unødvendige barrierer for muligheten til skaffe seg jobb, bolig og utdanning, mener han.
Inntil videre er ikke Bidens beslutning en full avkriminalisering, men den tolkes som et steg i den retningen.
Det er økende støtte for en avkriminalisering både hos demokratene og republikanerne.
Vil endre klassifisering
Marihuana, også kjent som cannabis eller hasj, er fremdeles klassifisert som et russtoff av «kategori 1» i USA.
Det vil si at det, på linje med andre narkotiske stoffer som kokain, LSD og heroin, «ikke har noen medisinske bruksområder og et høyt potensial for misbruk».
Både metamfetamin og fentanyl er klassifisert under en mindre alvorlig kategori.
Biden sier han nå har bedt føderale myndigheter, deriblant justisminister Merrick Garland, om å begynne en ny gransking av hvordan marihuana skal klassifiseres.