Mohammed ble forsøkt stoppet ved en kontrollpost i utkanten av hovedstaden Mogadishu, men nektet å stanse, sier en talsmann for overgangsregjeringen i Somalia til nyhetsbyrået AFP.
– Våre styrker skjøt mot mennene, og de forsøkte å forsvare seg da de ble omringet av våre menn, sier han.
Hadde falskt pass
Dette bildet av Fazul Abdullah Mohammed ble frigitt av kenyanske myndigheter i 2003.
Foto: HO / REUTERSMohammed skal ha hatt med seg en passasjer i bilen, samt medisiner, datamaskiner, mobiltelefoner og 40.000 dollar i kontanter.
Ifølge politiets talsmann Halima Aden er Mohammeds identitet bekreftet, og liket gravlagt.
– Vi har bekreftet at han ble drept av våre politistyrker ved en kontrollpost denne uka. Han hadde et falskt sørafrikansk pass, og flere andre dokumenter, sier politiets talsmann Halima Aden til Reuters.
– Etter en grundig etterforskning fikk vi bekreftet at det var ham. Deretter begravet vi ham, sier han.
USAs utenriksminister Hillary Clinton sier lørdag kveld at Mohammeds død er en viktig seier i kampen mot Al Qaida og andre ekstremister.
– Det er et rettferdig endelikt for en terrorist som har stått bak så mye død og smerte for uskyldige mennesker, sier Clinton ifølge Reuters.
Sto bak ambassadebombene
Fazul Abdullah Mohammed antas å ha vært lederen for Al Qaida i Øst-Afrika, og hadde trolig en sentral rolle i bombeangrepene mot de amerikanske ambassadene i Nairobi og Dar-es-Salaam i 1998.
Les:
Les:
Over 200 mennesker ble drept i angrepene, som blant annet førte til at FBI plasserte Osama bin Laden på sin liste over verdens ti mest etterlyste terrorister.
Der står også Mohammed, med en skuddpremie på fem millioner dollar.
Mohammed skal ha sluttet seg til Al Qaida i 1991, og fikk ansvaret for operasjonene i Øst-Afrika i 2002. Samme år skal han ha stått bak et angrep i Mombasa som tok livet av 15 mennesker.