Opprørerne, som har tilknytning til al-Qaida, trakk seg tilbake fra blant annet Timbuktu etter at franske kampfly gikk til angrep mandag, forteller flere innbyggere.
Også fra byene Gao og Douentza meldes det om tilbaketrekning.
Men en talsmann for en av opprørsgruppene sier det er snakk om «en taktisk tilbaketrekning» som var del av en «planlagt omgruppering».
Algerie stenger grensen mot Mali
Algerie har stengt grensen mot Mali, der franske kampfly mandag gikk til nye luftangrep mot islamistiske opprørere.
En talsmann for det algeriske utenriksdepartementet sier at grensen ble stengt mandag i frykt for at uroen i Mali vil spre seg til det sørlige Algerie.
– Vi har informert Mali om at vi har iverksatt tiltak for å stenge grensen, som allerede var ekstra sikret som følge av de siste hendelsene i Mali, sier talsmannen.
Nyheten kom samme dag som Malis midlertidige statsminister Diango Cissoko besøkte Algerie der han blant annet møtte president Abdelaziz Bouteflika.
Etter oppfordring fra myndighetene i Mali har Frankrike innledet en militæroffensiv mot islamistene, som har tatt kontroll over de nordlige delene av landet.