Massakren skal ifølge vitner ha funnet sted torsdag i regionen Ituri, nordvest i landet.
Mindre enn en uke tidligere ble det undertegnet en historisk fredsavtale som skulle få slutt på den brutale krigen som har herjet Kongo de siste fire årene.
Det er nå dannet en kommisjon som skal forsøke å skape fred i området hvor medlemmer av folkeslagene Hema og Lendu er i konflikt. Ugandiske offiserer har tidligere opplyst at mellom 350 og 400 personer fra Hema-folket ble drept etter å ha blitt angrepet av Lendu-folket.