Rooney ble imidlertid byttet ut tidlig i 2. omgang. Dermed ble det ikke flere mål på United-spilleren, som nå mangler en scoring for å bli historisk.
– Jeg er stolt over å ha tangert Sir Bobby Charltons rekord. Målet er å hjelpe laget mitt til seier i neste kamp (mot Sveits), og jeg håper samtidig å ta rekorden da, sa Rooney til ITV etter kampslutt.
Kampen var 11 minutter da Rooney fikk sjansen til å tangere Charltons berømte England-rekord.
Dommer blåste straffe etter at Marco Bernardi dro i trøya til John Stones, og Rooney lot ikke sjansen gå fra seg til å sette sitt 49. landslagsmål for England.
Fem av Rooneys 49 mål har for øvrig kommet mot nettopp San Marino.
– Men jeg ville ha byttet vekk alle disse målene mot et EM-gull til England neste sommer, sier 29-åringen.
Målene strømmet på
Etter hvert økte England til både 2-0 (selvmål ved Christian Brolli) og 3-0 etter en heading av Ross Barkley (46 minutter). Theo Walcott la på til 4-0 etter 68 minutter, Harry Kane sørget for 5-0, mens Walcott la på til 6-0 etter 78 minutter.
Svake San Marino kom knapt nok til en avslutning i løpet av hele kampen.
Rooneys 50. mål lot likevel vente på seg, og etter 58 minutter ble han byttet ut til fordel for Harry Kane.
Dermed må landslagsspilleren vente ennå en stund før han eventuelt slår legendariske Bobby Charltons seiglivete rekord.
Det kan skje når England møter Sveits 8. september i neste kamp i EM-kvalifiseringen.
Charltons rekord på 49 landslagsscoringer har stått helt siden 1970.
England klar for EM
England har lenge vært så godt som klar for EM, og etter lørdagens seier over San Marino er laget endelig kvalifisert.
Selv om England ikke overbeviste mot svak motstand lørdag, har laget faktisk vunnet sju av sju kamper så langt.
Engelskmennene leder nå EM-kvalifiseringens gruppe E med 21 poeng. Sveits på andreplass har 12 poeng, riktignok med en kamp mindre spilt.