UEFA har foreløpig ikke sagt noe om det konkrete innholdet i tiltalen, men har røpt at det dreier seg om kampfiksing.
Hvis Besiktas blir funnet skyldig i kampfiksing, kan de rumenske mesterne risikere å bli kastet ut av neste sesongs mesterliga.
Klubbens president Gigi Becali soner allerede en dom for korrupsjon, og ble forrige uke uke dømt til ytterligere tre år for å ha tilbudt bestikkelser til spillere fra et annet lag.
To tjenestemenn fra Besiktas er også under etterforskning i forbindelse med den tyrkiske cupfinalen i 2011, der klubben vant på straffer.
Også forrige sesongs semifinalist i europaliagen, Fenerbache, må møte til høring i UEFAs disiplinærkomité i sommer på grunn av mistanke om kampfiksing.
Klubben og fem tjenestemenn er tiltalt.
Saken skal behandles 22. juni, dagen etter at sakene mot Steaua Bucuresti og Besiktas behandles.