Han utlignet til 1-1 på et frispark fra 18 meter ni minutter ut i kampen.
Gamst Pedersen skrudde ballen over muren og bak Portsmouth-keeper Sander Westerveld.
Før det hadde Matthew Taylor gitt Portsmouth ledelsen på et frispark fra 25 meter.
Morten Gamst Pedersen (Foto: AP/Scanpix)
Sju minutter før pause scoret Paul Dickov Blackburns seiersmål da han headet i mål en retur fra keeper.
Gult kort
Gamst Pedersen hadde flere gode innlegg og cornere både før og etter pause.
17 minutter etter pause fikk han gult kort for en tackling i knehøyde på Brian Priske.
Karadas inn
Åtte minutter før slutt kom Azar Karadas inn for Portsmouth.
Han klarte ikke å markere seg spesielt i løpet av de minuttene han fikk.
Det er andre gang på tre kamper at Karadas har kommet inn som innbytter etter at han kom tilbake etter skade.