Cavendish veltet stygt etter å ha blitt truffet av albuen til den slovakiske superstjernen Peter Sagan kort før målgang i sentrum av Vittel.
Briten traff reklameskiltene med voldsom kraft og kom til Team Dimension Datas lagbuss med smerter i skulderen og en finger som måtte sys.
Sagan ble av mange gitt skylden for det stygge rundkastet, men meningene var svært delte om hvor hardt slovaken burde straffes.
– Ikke tid til å reagere
Tirsdag kveld ble han diskvalifisert fra årets Tour, men laget Bora Hansgrohe la inn en protest noen timer senere.
– Jeg visste ikke Cavendish var bak meg. Han kom fra høyre side, og jeg prøvde å gå på Kristoffs hjul. Mark kom veldig raskt fra bak meg, og jeg hadde ikke tid til å reagere og gå til venstre, forklarer Sagan i pressemeldingen.
Cavendish ble sendt til røntgenundersøkelser etter den dramatiske spurten. Ved 23.30-tiden tirsdag bekreftet Team Dimension Data at spurtkanonen fra Isle og Man har gjort sitt i årets ritt.
Tirsdagens Tour de France-exit utgjør den siste i rekken av nedturer for Cavendish denne sesongen. Mannen med 30 etappeseirer på samvittigheten ble tidligere år rammet av kyssesyken og mistet tre måneder med trening.
Boasson Hagen tar over
Han rakk Tour de France med et nødskrik.
Med Cavendish ute av rittet vil Edvald Boasson Hagen etter alle solemerker overta jobben som Team Dimension Datas mann i spurtene som nå venter.
Den neste etappen som ventes å ende med massespurt går mellom Vesoul og Troyes torsdag.