Murillo Karam understreket at myndighetene fortsatt venter på DNA-resultater for en rekke lik som er funnet i andre massegraver ved byen Iguala, 200 kilometer sør for Mexico by.
Ytterligere en grav ble funnet tirsdag.
– Men vi har DNA-resultater fra de første gravene, og jeg kan forsikre dere at de ikke svarer til DNA-prøver fra slektninger av de savnede, sa han.
Murillo opplyste samtidig at politiet har pågrepet ytterligere 14 lokale politifolk som er anklaget for å ha bortført de 43 studentene i forrige uke og overlevert dem til en narkotikabande.
- Les også:
Innrømmer drap
To gjengmedlemmer har fortalt politiet at de drepte 17 av studentene, men myndighetene sier at ingen dødsfall blir bekreftet før DNA-prøvene er klare.
Samtidig fortsetter 300 føderale politifolk letingen etter studentene, og saken betegnes fortsatt som en forsvinningssak.
Saken har vakt enorm internasjonal oppmerksomhet og voldsomme protester i Guerrero og blant studenter ellers i Mexico.
Ifølge myndighetene gikk de lokale politifolkene sammen med narkotikabanden Guerreros Unidos og drepte for fote en natt i slutten av september. Seks mennesker er bekreftet drept, foruten de 43 som ennå er savnet. Vitner sier de har sett studenter bli bortført i politibiler.
Til sammen 26 politifolk fra Iguala og åtte andre personer, blant dem fire bandemedlemmer, er pågrepet i tillegg til de 14 som ble tatt tirsdag.
I tillegg er Igualas borgermester, hans kone og byens politimester på rømmen.
- Les også:
(Artikkelen fortsetter under bildet.)
Korrupsjon
Hele saken illustrerer de store problemene Mexicos nye president Enrique Peña Nieto har med korrupt politi og politikere i mindre byer som kontrolleres av voldelige narkotikabander.
Peña Nieto lovte mandag å sørge for at episoder som den i Iguala ikke gjentar seg.
De 43 studentene fra en lærerskole i nærheten av Chilpancingo, som er delstatens hovedstad, var i Iguala for å samle inn penger til et prosjekt, og de hadde kapret busser for å komme seg tilbake til Chilpancingo.
De varsler at de vil trappe opp sine aksjoner om ikke myndighetene finner ut hva som er skjedd med de savnede studentene, og de krever at guvernøren, Angel Aguirre, går av.