Ukrainske myndigheter reagerer også kraftig på besøket.
– Ukraina protesterer kraftig på dette upassende besøket til det okkuperte området på Krim, heter det i en uttalelse fra Kiev.
– En slik provokasjon er nok en bekreftelse på at Russland bevisst trapper opp spenningen i forholdet mellom Ukraina og Russland, heter det videre.
Første besøk
Tidligere i dag deltok Putin på en militærparade i Moskva i forbindelse frigjøringsdagen for Den 2. verdenskrig.
Det var lenge knyttet stor spenning til om han ville ta turen til Krim og havnebyen Sevastopol. Et veldig symboltungt besøk.
I ettermiddag landet han i byen der den russiske svartehavsflåten har sin hovedbase. Dette er det første besøket til Putin etter at halvøya ble annektert etter en folkeavstemming i midten av mars.
– Jeg mener et besøkt til Krim er upassende, sier NATOs generalsekretær Anders Fogh Rasmussen til pressen under sitt besøk i Tallinn.
Han understreket nok en gang at han og NATO ikke har sett noen konkrete tegn på at russiske soldater har trukket seg tilbake fra den ukrainske grensen. En kommentar russiske myndigheter definerte som «blind».
- Les:
Under sin tale i Moskva hyllet han den sovjetiske jernviljen og deres fryktløshet i kampen mot nazistene for 69 år siden. En tale som de fleste kommentatorer tolket i lys av Ukraina-krisen og Russlands støtte til separatistene øst i nabolandet.
Spesielt med tanke på at Russland hele tiden har framstilt de nye myndighetene i Kiev som fascister, noe Ukraina og vestlige land avviser som ren propaganda.
Ifølge Krem skal Putin delta i en stor militærparade i Sevastopol i ettermiddag.
Urolig i øst
Samtidig med Putin besøk så meldes det om uroligheter og drepte lenger øst i landet.
Ved Svartehavsbyen Mariupol er åtte mennesker drept og flere skadd i kamper mellom ukrainske spesialstyrker og prorussiske separatister.
Det lokale politiet skal ha forsøkt å få tilbake kontrollen over politibygningen da de ble beskutt av separatister som var inne i innenriksdepartementets bygning.