Britisk politi opplyser at Hussain ble pågrepet i en bolig nordvest i London tirsdag morgen.
Partilederen har bodd i byen siden begynnelsen av 1990-årene etter at han flyktet fra Karachi i Pakistan. Hussain har tidligere uttalt at det ville være livsfarlig for ham å reise tilbake til Pakistan.
Muttahida Qaumi-bevegelsen (MQM), som Hussain leder, har sin maktbase i Karachi. Der holdes det ifølge BBC krisemøte i partiets hovedkvarter.
Frykter vold
Tilhengere av Hussain har reagert kraftig på arrestasjonen. I Karachi har demonstranter satt fyr på busser, rickshawer og en bil etter at arrestasjonen ble kjent. Det er også blitt rapportert om skyting i enkelte bydeler, men det er så langt ikke meldt om skadde.
Ifølge Reuters valgte også flere butikkeiere å stenge butikkene sine i frykt for at volden skulle eskalere. Stemningen i Karachi beskrives som spent.
Mohammad Moosa sier til nyhetsbyrået at frykten for vold er stor.
– Alle butikker og markeder er stengt. Til og med små kiosker har stengt. Bensinstasjoner har også stengt, fordi de frykter voldsepisoder, forteller han.
(Artikkelen fortsetter under bildet)
Oppfordrer til ro
Utenfor det britiske konsulatet er sikkerheten skjerpet. Det samme gjelder andre bygninger i byen.
– Vi høynet sikkerheten utenfor det britiske konsulatet så fort vi hørte om Hussains arrestasjon. Vi har også økt antallet politibetjenter ved aktuelle plasser i byen, og ser på andre mulige tiltak, sier politiinspektør Abdul Khalique Shaik til Reuters.
Sentrale skikkelser i MQM-bevegelsen i Pakistan oppfordret folk til å besinne seg.
– Vi ber alle om å forholde seg rolig og samlet til det som har skjedd. Vi advarer mot ulovlige aktiviteter, sier Khawaja Izhar ul Hassan i MQM ifølge AFP.
Etterlyst i Pakistan
Tirsdagens arrestasjon er ikke første gang Altaf Hussain er i kontakt med politiet.
I Pakistan er han etterlyst for mord, og britisk politi har også ved to tidligere anledninger ransaket hjemmet hans i London etter mistanke om hvitvasking, skriver AFP. Dette skjedde i 2012 og 2013.
Da politikeren Zahra Shahid Hussain ble skutt og drept utenfor sitt hjem i Karachi i mai i fjor, ble også Hussain anklaget av politiske motstandere for å ha medvirket til drapet.
Årsaken var at han kom med trusler mot medlemmer av Pakistan's Movement for Justice Party, hvor Zahra Shahid Hussain var medlem.
Altaf Hussain fordømte drapet.