IS bruker båtene til sin egen nytte, ettersom europeisk politi ikke vet hvem av flyktningene som er jihadister, sier tjenestemannen Abdul Basit Haroun til BBC.
Han sier han har vært i kontakt med båteiere i IS-kontrollerte områder i Nord-Afrika som kontrolleres av IS.
Opprørsgruppa tillater aktiviteten mot at de får 50 prosent av fortjenesten, ifølge Haroun.
Tidligere i år advarte EUs grensekontrollbyrå Frontex om at det er mulig at utenlandske krigere benytter seg av uvanlige migreringsruter for å nå Europa.
Så langt i år har over 31.000 flyktninger klart å krysse Middelhavet fra Nord-Afrika til Italia og Hellas, ifølge FNs høykommissær for flyktninger.
Over 1.750 har mistet livet i forsøk på å gjøre det samme.
- Dette norske skipet skal redde flyktninger i Middelhavet
- Langs disse fluktrutene risikerer minst 200.000 livet i år